Jiří Černý je vedoucím skupiny "e4 research group" zabývající se ekologií, evolucí, emergencí a epidemiologií zoonóz a epizootických nemocí. 

Jiří Černý je koordinátorem "Centra infekčních nemocí zvířat (CINeZ)", mezifakultního výzkumného centra na České zemědělské univerzitě v Praze, které sdružuje laboratoře studující původce infekčních nemocí zvířat a zabývající se problematikou předcházení těchto onemocnění.