Petr Karlík vyučuje botanické předměty. Jedná se zejména o základní kurzy pro první ročníky ("Botanika lesnická" pro obory BLES a BPRM a "Základy lesnické botaniky" pro obor HSSL). Při výuce je kladen zvláštní důraz na informace o indikačním významu jednotlivých druhů rostlin a na získávání terénní zkušenosti.